Управление пакетами и настройка репозиториев может производиться в графической программе synaptic или в командной строке терминала.
Менеджер пакетов synaptic (Меню «Меню Пуск» - Настройки - Менеджер пакетов Synaptic) предоставляет графический интерфейс для системы управления пакетами apt и позволяет просматирвать списки пакетов в установленных репозиториях, производить поиск по различным критериям, выполять установку (apt-get install), удаление (apt-get remove) и обновление (apt-get upgrade) зависимых пакетов и всей системы (apt-get dist-upgrade), а также вводить список используемых репозиториев (файл /etc/sources.list).